חברה, בניגוד לעוסק עצמאי, אינה משלמת מקדמות מס הכנסה קבועות לפי מדרגות. במקום זאת, היא משלמת מקדמות מס חברות חודשיות, המחושבות כאחוז ממחזור ההכנסות של אותו חודש. שיעור האחוז הזה אינו קבוע ואחיד לכל החברות - הוא נקבע על ידי רשות המסים בהתאם לשומת המס של החברה בשנה הקודמת. חברה עם רווחיות גבוהה יחסית למחזור תקבל שיעור מקדמה גבוה יותר, וחברה עם רווחיות נמוכה - שיעור נמוך יותר.
מבחינת מועדים, המקדמות משולמות בסביבות ה-15 לכל חודש - יחד עם דיווחי המע"מ וניכויי המס במקור על שכר, אם קיימים. כלומר, מבחינת ניהול תזרים המזומנים של החברה, זה יום בחודש שבו יש להיערך לכמה חובות תשלום במקביל: מע"מ, ניכויים ממשכורות, ומקדמת מס החברות.
בסוף שנת המס, כאשר מחושבת חבות המס הסופית בדוח השנתי, נערכת התחשבנות מול סך כל המקדמות ששולמו לאורך השנה. אם הסתבר שהחברה שילמה פחות מדי - למשל כי שיעור המקדמה שנקבע היה נמוך מדי ביחס לרווחיות בפועל השנה - יש להשלים את ההפרש בתשלום נוסף. אם שולם יותר מדי, החברה זכאית להחזר או לזיכוי כנגד חבויות עתידיות.
מכיוון שהשיעור נקבע על בסיס שומת השנה הקודמת, חברות שחוות שינוי משמעותי ברווחיות - לטובה או לרעה - עשויות למצוא את עצמן משלמות מקדמות שלא תואמות את המציאות העדכנית שלהן. במקרים כאלה ניתן, ולעיתים כדאי, לפנות לרשות המסים בבקשה להתאמת שיעור המקדמות במהלך השנה, כדי למנוע גם תשלום עודף וגם חוסר גדול מדי שיצטבר עד להתחשבנות השנתית. כדאי לבחון זאת מול רואה חשבון, במיוחד אם חלה תנודתיות ברווחי החברה.