כשסחורה מגיעה מחו"ל לנמל או לשדה תעופה בישראל, היא לא יכולה להיכנס לזרימה החופשית עד שהיא עוברת שחרור במכס. בתהליך הזה עלולים לחול על היבואן כמה סוגי היטלים שונים, ורבים מתבלבלים ביניהם - מכס ומס קנייה הם השניים המרכזיים, וחשוב להבין את ההבדל בין השניים.
מכס הוא היטל שמחושב כאחוז מהערך המכס של הטובין. הערך הזה מחושב בדרך כלל על בסיס CIF - כלומר עלות הסחורה בתוספת עלות הביטוח וההובלה עד לישראל, ולא רק המחיר ששולם לספק. שיעור המכס תלוי בסיווג המכסי (קוד HS) של הטובין ובמדינת המקור - הסכמי סחר, למשל עם האיחוד האירופי או ארצות הברית, יכולים להוריד או לבטל את המכס על טובין שעומדים בתנאים, אבל זה דורש הצגת תעודת מקור או הצהרת מקור מתאימה.
מס קנייה הוא היטל נוסף שמוטל מעל המכס, אבל רק על קטגוריות ספציפיות של טובין שרשות המסים הגדירה ככאלה - היסטורית למשל רכבים, מוצרי אלקטרוניקה, ומשקאות ממותקים. רוב מוצרי המזון הבסיסיים בדרך כלל לא נושאים מס קנייה, אבל זה תמיד צריך להיבדק מול פקודת מס הקנייה העדכנית לסיווג המכסי הספציפי של הטובין - ולא להניח שדבר כזה או אחר פטור, בלי לבדוק.
שני ההיטלים האלה, מכס ומס קנייה, הם עלויות לא ניתנות להשבה - כלומר הן לא מקוזזות מול מס אחר, אלא נטמעות בעלות המלאי המיובא, בדיוק כמו עלות הובלה. בפועל זה אומר שהן מעלות את עלות המכר של הסחורה, ולא נרשמות כהוצאת מס נפרדת.
חשוב להבחין בין השניים לבין מעמ יבוא, שמחושב על ערך המכס בתוספת המכס ובתוספת מס הקנייה - כלומר מעמ מחושב אחרון, על גבי שני ההיטלים האחרים. בשונה ממכס ומס קנייה, מעמ יבוא כן ניתן להשבה כמעמ תשומות רגיל, ולכן מקבל טיפול חשבונאי שונה לגמרי - הוא לא נטמע בעלות המלאי אלא נרשם כמעמ בר-קיזוז. ההבדל הזה בין עלות שנטמעת במלאי לבין מעמ שמוחזר הוא בדיוק הנקודה שהכי חשוב שיבוא יבין נכון כשהוא רושם חשבונית יבוא בספרים.