חברה בע"מ משלמת מס חברות בשיעור אחיד על הרווח החייב שלה, ללא קשר לגודל הרווח. זהו ההבדל המבני המרכזי בין מיסוי חברות למיסוי עוסקים עצמאים: בעוד עצמאי משלם לפי מדרגות מס פרוגרסיביות שעולות עם ההכנסה (עד כ-47% ואף תוספת של עד כ-3% על הכנסות גבוהות מאוד, כך שהשיעור השולי המשולב יכול להגיע לכ-50%), חברה משלמת שיעור קבוע אחד - בשנים האחרונות סביב 23% - בין אם הרווח קטן ובין אם הוא גדול. חשוב לזכור ששיעור מס החברות אינו קבוע לצמיתות: הוא נקבע על ידי רשות המסים ומתעדכן מעת לעת, ולכן יש לבדוק תמיד את השיעור העדכני בפועל.
נקודה חשובה נוספת היא שמדובר במיסוי דו-שכבתי. הרווח של החברה ממוסה פעם אחת במס החברות בשנה שבה הוא נוצר, ואם בעל המניות מושך את הרווח כדיבידנד - הוא ממוסה שוב, בשיעור מס דיבידנד נפרד (בדרך כלל באזור 25%-30%). רווח שנשאר בתוך החברה ולא מחולק ממוסה רק פעם אחת, בשיעור מס החברות בלבד. זו אחת הסיבות המרכזיות לכך שבעלי עסקים שיקוליהם להתאגד כחברה כאשר הרווחים מגיעים לרמה שמצדיקה להשאיר חלק מהכסף בתוך העסק.
בניגוד לעוסק עצמאי, המשלם מקדמות מס הכנסה קבועות לפי מדרגות, חברה משלמת מקדמות מס חברות חודשיות המחושבות כאחוז ממחזור ההכנסות החודשי שלה, לפי שיעור שרשות המסים קובעת בהתאם לשומת המס של השנה הקודמת. המקדמות משולמות בסביבות ה-15 לכל חודש, יחד עם דיווחי המע"מ וניכויי המשכורות. בסוף השנה עורכים התחשבנות בין סך המקדמות ששולמו לבין חבות המס הסופית שמחושבת בדוח השנתי - אם שולם פחות מדי, משלימים את ההפרש, ואם שולם יותר מדי, מקבלים זיכוי או החזר.
מועד הגשת הדוח השנתי למס חברות הוא חמישה חודשים לאחר תום שנת המס - כלומר, עבור חברה שפועלת לפי שנת מס רגילה (שמסתיימת בסוף דצמבר), המועד הוא 31 במאי בשנה שאחרי (בהשוואה ל-30 באפריל אצל יחידים). ייצוג של רואה חשבון או יועץ מס יכול לעיתים לאפשר הארכת מועד. הדוח חייב להיות מלווה בדוחות הכספיים של החברה, מה שמחבר את נושא המס לדרישת הביקורת החשבונאית שחלה על חברות רבות.