חברה בע"מ (חברה בערבון מוגבל) היא ישות משפטית נפרדת מבעליה. המשמעות המעשית היא שהנכסים האישיים של בעלי המניות מוגנים מפני חובות החברה - זו ההגנה המרכזית שחברה נותנת ושעוסק עצמאי אינו מקבל, שכן אצל עוסק עצמאי אין הפרדה משפטית בין העסק לבין האדם: העסק וההכנסות שלו הם חלק מהנכסים וההתחייבויות האישיות של בעליו.
ההבדל השני, ולעיתים המשמעותי יותר בפועל, הוא במבנה המיסוי. עוסק עצמאי ממוסה ישירות לפי מדרגות המס הפרוגרסיביות של יחידים, בשכבה אחת בלבד. חברה, לעומת זאת, משלמת מס חברות בשיעור אחיד וקבוע על הרווח - ורק כאשר הרווח מחולק בפועל לבעלי המניות כדיבידנד נוצרת שכבת מיסוי נוספת. כל עוד הרווח נשאר בתוך החברה, הוא ממוסה פעם אחת בלבד. זהו מבנה דו-שכבתי מול מבנה חד-שכבתי - ונקודת מפתח בכל שיקול על איזו צורת התאגדות מתאימה לעסק מסוים.
חברה כרוכה גם בחובות ניהול וריגולציה מורחבות יותר: ניהול פנקסים בשיטת החשבונאות הכפולה (הנהלת חשבונות דו-צדדית), הגשת דוחות שנתיים הן לרשם החברות והן לרשות המסים, ובכפוף לסייגים מסוימים - גם חובת ביקורת של רואה חשבון מבקר על הדוחות הכספיים. עוסק עצמאי, לעומת זאת, אינו מגיש דוחות לרשם החברות כלל, ובדרך כלל כפוף לחובות הנהלת חשבונות פחות מורכבות.
הבחירה בין להישאר עוסק עצמאי לבין להתאגד כחברה היא שאלה עסקית ולא רק מיסויית: היא נשקלת לרוב לפי מידת ההגנה מפני חבויות שנדרשת, השיקול התדמיתי-עסקי (חברה נתפסת לעיתים כגוף רציני ויציב יותר מול לקוחות וספקים), ורמת הרווחיות שממנה המבנה הדו-שכבתי של החברה - מס חברות ולאחריו מס דיבידנד רק בעת חלוקה בפועל - משתלם יותר מהמדרגות הפרוגרסיביות של עוסק עצמאי. מדובר בהחלטה שכדאי לבחון יחד עם רואה חשבון, לפי הנתונים הספציפיים של העסק.