חברה משפחתית היא מונח שמקורו בסעיפים 64 ו-64א לפקודת מס הכנסה. מבחינה משפטית מדובר עדיין בחברה בע"מ לכל דבר - ההגנה של ערבון מוגבל על בעלי המניות נשארת בעינה - אבל היא בוחרת במסלול מיסוי מיוחד: כל הרווח (וגם ההפסד) של החברה מיוחס לבעל מניות אחד שמוגדר מראש, שנקרא "הנישום המייצג", וממוסה אצלו לפי המדרגות האישיות שלו במקום לפי שיעור מס החברות האחיד. יתרון נוסף במסלול הזה הוא שכשהרווח מחולק בפועל לבעלי המניות, אין שכבת מס דיבידנד נפרדת כפי שקיימת בחברה רגילה.
מתי זה עשוי להשתלם? בעיקר כאשר הנישום המייצג זכאי להטבות מס אישיות שלא היו רלוונטיות לחברה רגילה - למשל פטור בשל נכות, או הטבות עולה חדש על הכנסות מחו"ל - או כאשר שיעור המס השולי האישי שלו נמוך מהשיעור המשולב שהיה מתקבל מחברה רגילה (מס חברות ואחריו מס דיבידנד בעת חלוקה). במקרים כאלה, מיסוי הרווח ישירות אצל האדם, בשכבה אחת, יכול להיות משתלם יותר.
מנגד, יש לזכור שזהו כלי תכנון מיסוי ייעודי ולא ברירת מחדל שגרתית. הבחירה במסלול חברה משפחתית מחייבת הגשת בקשה מוקדמת (בחירה) לרשות המסים, והיא מתאימה בעיקר למקרים ספציפיים שבהם באמת יש יתרון אישי-מיסויי ברור לנישום המייצג. מדובר במקרה שמצריך בדיקה פרטנית ומקצועית - לא החלטה שכדאי לקבל באופן מכני בלי ליווי צמוד של רואה חשבון, שכן היא כרוכה גם בהתחייבויות ומגבלות מבניות שממשיכות ללוות את החברה כל עוד המסלול בתוקף.
לסיכום: חברה משפחתית יכולה להיות פתרון מיסויי אלגנטי במקרים המתאימים, אבל מכיוון שהיא משלבת שיקולי מס אישיים עם מבנה תאגידי, כל בעל עסק ששוקל את המסלול הזה מוזמן לבדוק זאת לעומק מול רואה חשבון לפני שמקבלים החלטה.