השנה הראשונה של חברה חדשה היא בדיוק הנקודה שבה שווה להשקיע תשומת לב חשבונאית מוגברת - קל הרבה יותר לקבוע נכון את מאזן הפתיחה ואת מדיניות החשבונאית מההתחלה מאשר לתקן אותם בדיעבד אחרי שכבר נצברו טעויות או אי-דיוקים.
מבחינה ארגונית, חברה בע"מ מחויבת לנהל פנקסים בשיטת החשבונאות הכפולה (הנהלת חשבונות דו-צדדית), ולדווח הן לרשם החברות והן לרשות המסים - שלא כמו עוסק עצמאי. אחד הצעדים הראשונים הוא לוודא שמערכת ההנהלת חשבונות מוגדרת נכון מלכתחילה: תרשים חשבונות מתאים לתחום הפעילות, הגדרת ספקים ולקוחות, וחיבור נכון לחשבון הבנק העסקי.
שיקול חשוב נוסף הוא בחירת המדיניות החשבונאית - רוב החברות הפרטיות הקטנות-בינוניות בישראל פועלות לפי התקינה החשבונאית המקובלת בישראל, ולא לפי תקני ה-IFRS המלאים שמחייבים בעיקר חברות ציבוריות/מדווחות, אם כי ניתן לאמץ מרצון תקנים ספציפיים מתוכו. ההחלטה הזו, יחד עם בחירות כמו שיטת הפחת לנכסים קבועים, כדאי לקבוע בליווי רואה חשבון כבר בהתחלה.
מעבר לכך, כדאי כבר בשלב מוקדם לבנות את השגרה החודשית שתלווה את החברה לאורך כל השנה: התאמות בנק וכרטיסי אשראי, סיווג שוטף של הכנסות והוצאות, דיווחי מע"מ, ותשלומי שכר וניכויים אם יש עובדים. שגרה כזו היא הבסיס שממנו נבנים בסוף השנה המאזן, דוח רווח והפסד, דוח תזרים המזומנים והביאורים.
כדאי גם, כבר בשלב ההקמה, להבין את חובת ביקורת רואה החשבון החלה על החברה (ואת הפטור האפשרי לחברה קטנה), ולשקול אם המבנה המתאים הוא חברה רגילה או חברה משפחתית - החלטה שלא כדאי לקחת לבד, אלא לבחון מול רואה חשבון בשלב שבו עדיין קל לכוון את מסלול החברה.